Strekkode-prosjekter i Norge
Fugler
Målet er å strekkode alle hekkende arter i Norge (omtrent 260 arter) pluss så mange trekkgjester som mulig. Den offisielle norske artslista teller 473 arter. Per i dag (oktober 2007)er vi ferdige med å strekkode 259 arter, med all informasjon om referanseindivider og DNA sekvenser lagt inn BOLD databasen. Vårt prosjekt er en del av "All Birds Barcoding Initiative" som har som siktemål å lage et komplett DNA bibliotek av verdens fuglefauna (~10 000 arter) innen 2010. Det norske prosjektet bidrar også med strekkode-data av fugl fra andre deler av verden. Per i dag er 176 arter fra andre land enn Norge barkodet.
Barkoding resultatene på Skandinaviske fugler er nå publisert i en artikkel av Johnsen og kolleger: "DNA barcoding of Scandinavian birds reveals divergent lineages
in trans-Atlantic species"
Kontaktpersoner: Jan T. Lifjeld, Arild Johnsen (Naturhistorisk Museum, Universitetet i Oslo)
Pattedyr
Målet er å strekkode alle de 90 terrestre og marine arter av pattedyr i Norge. I øyeblikket (august 2010) er 42 arter ferdig sekvensert og lagt inn i BOLD databasen.
Kontaktpersoner: Roar Solheim (Agder naturmuseum), Øystein Flagstad (NINA), Øystein Wiig (Naturhistorisk Museum, Universitetet i Oslo)
Ferskvannsfisk
Det finnes 42 arter av ferskvannsfisk i Norge og prosjektet tar sikte på å strekkode dem alle. Prosjektet vil inngå som en del av det internasjonale FISH-BOL initiativet, som har som mål å lage et komplett DNA strekkode-bibliotek over verdens~30 000 fiskearter.
Kontaktpersoner: Arild Johnsen, Åge Brabrand (Naturhistorisk Museum, Universitetet i Oslo)
Skater (Rajidae) i Nordøst-Atlanteren
Fjorten arter er registrert i de norske havområdene (200 nautiske mil ut fra Norge, Svalbard og Jan Mayen). Det var ønskelig å barkode ti individer av hver art, men vanskeligheter med å få tak i disse kan tyde på at noen arter er sjeldnere enn antatt. Totalt er 92 individer barkodet, og fangstinformasjon, bilder og DNA-sekvenser er lagt inn i BOLD. Èn kryptisk art, èn mulig feilklassifikasjon og flere feilidentifiseringer ble påvist under dette arbeidet.
Kontakt: Arve Lynghammar (Universitetet i Tromsø), Torkild Bakken (NTNU Vitenskapsmuseet)
Arktiske fisker
Mange arktiske fisker er små og uten økonomisk betydning. Likevel blir mange tatt som bifangst, og i dag har man for dårlige data for å beregne hvor store populasjonene er. DNA barkoding av disse artene vil sannsynligvis kunne avsløre kryptiske arter og andre systematiske uklarheter, samt bidra til bedre bestemmelsesnøkler.
Kontakt: Arve Lynghammar (Universitetet i Tromsø)
Krepsdyr (Crustacea)
I følge Norsk rødliste er det omtrent 1800 kjente arter av krepsdyr i Norge med nærliggende havområder. Vi starter med to delprosjekter; ett på amfipoder (429 arter) og ett på tifotkreps (107 arter).
Kontaktpersoner: Wim Vader (amfipoder) (Universitetet i Tromsø) og Marit E. Christiansen, Lutz Bachmann (tifotkreps) (Naturhistorisk Museum, Universitetet i Oslo)
Nakensnegler (Nudibranchia)
Nakensnegler (Nudibranchia) er en gruppe marine snegler. I Norge har vi omtrent 90 registrerte arter. Målet med prosjektet er å DNA strekkode så mange som mulig av disse artene. Omtrent to tredjedeler av de 90 artene er det mulig å nå gjennom dykking. De øvrige er arter er beskrevet basert på materiale fra dypt vann, og mange er bare kjent fra meget få funn.
Nakensnegler er vanskelig å identifisere når de er fiksert. Av den grunn blir de som regel listet opp som "Nudibranchia indet." i lister over arter fra ulike prosjekter. Gjennom dette prosjektet håper vi å kunne bidra til å rette opp dette. Målet er opprette et DNA strekkode-bibliotek der individer av nakensnegler kan strekkodes for å fastslå hvilke arter som er funnet i den enkelte undersøkelse. Dette vil bidra til større kunnskap om det biologiske mangfoldet i det undersøkte området. Prosjektet omfatter norske farvann inkludert norskekysten, Norskehavet med Jan Mayen og Svalbard.
Kontaktpersoner: Torkild Bakken (NTNU Vitenskapsmuseet), Jussi Evertsen (NTNU Institutt for biologi)
Fjærmygg (Chironomidae)
Fjærmygg (Chironomidae) er en familie tovinger (Diptera) som gjerne har sine ungdomsstadier i vann. Denne gruppen finnes på alle kontinenter, til og med i Antarktis, og det er beskrevet rundt 1200 arter fra Europa. Fjærmygglarver fra ulike arter har ofte forskjellige krav til levemiljøet, og det gjør at fjærmygg egner seg meget godt som biologiske indikatorarter til overvåkning av miljø- og klimaforandringer. Faktisk brukes sågar subfossile fjærmyggfragmenter i borkjerneprøver til rekonstruksjon av klimaendringer siden siste istid. Fjærmygg er svært vanskelig å artsbestemme, og derfor vil et konsept som DNA barcoding egne seg spesielt bra for denne økologisk viktige dyregruppen. Et publisert pilotstudie (Ekrem et al. 2007) har da også vist at DNA barcoding fungerer bra til identifisering av fjærmygg når det finnes et DNA bibliotek av kjente arter.
I dette prosjektet vil vi utarbeide en DNA database over 80-90% av alle europeiske fjærmyggarter for å teste om 1) DNA barcoding skiller mellom kjente europeiske arter, 2) estimater på artsmangfoldet endres hvis vi inkluderer genetiske data, 3) om ulikheter i morfologisk og molekylær artsavgrensing kan skyldes hybridisering, ufullstendig genetisk linjesortering eller kryptiske arter og 4) om interaktive bestemmelsesnøkler for larver muliggjort med DNA barcoding vil øke presisjonen i artsbestemmelser av larvefragmenter i palaeolimnologiske studier. Prosjektet er et samarbeid mellom forskere i Biodiversity Institute of Ontario, Bergen Museum, The Natural History Museum London, Universidad de Almería og Utrecht University.
Kontaktpersoner: Torbjørn Ekrem, Elisabeth Stur (NTNU Vitenskapsmuseet)
Knott (Diptera: Simuliidae)
Knott omfatter mange arter av medisinsk og sosial betydning. Mange arter biter og er vektorer for patogener som påvirker ville dyr, husdyr og mennesker. De 40 registrerte artene i Norge skal etter planen barkodes. Hittill (november 2010) er 12 arter barkodet i forbindelse med et prosjekt som undersøker faktorer som fører til et stabilt og årlig utbrudd av pestarten tuneflua Simulium truncatum i Glomma i Østfold.
Kontaktperson: Trond Bremnes (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo)
Sommerfugler (Lepidoptera)
Det er registrert rundt 2200 arter av sommerfugl i Norge (Norges sommerfugler). Prosjektets målsetning er å strekkode samtlige norske arter, samt å bidra med materiale fra andre deler av verden, f. eks. Afrika, i den internasjonale kampanjen All-Leps for strekkoding av verdens sommerfugler. Per i dag (mai 2010) er 715 prøver fra 579 arter strekkodet.
Kontaktperson: Leif Aarvik (Naturhistorisk Museum, Universitetet i Oslo)
Rettvinger, kakerlakker og saksedyr (Orthoptera, Blattodea, Dermaptera)
Prosjektet skal strekkode 50 arter innen disse ordnene. (Se web-katalog med faktaark og sjekkliste). En del av disse artene er importerte eller introduserte i Norge.
Kontaktperson: Lars Ove Hansen (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo)
Veps (Hymenoptera)
Rundt 4 500 arter av veps (inkl. humler, bier og maur) er registrert i Norge, men gruppen er dårlig undersøkt, og trolig er det reelle artstallet i Norge over 8 000. Vi begynner med maur (Formicidae, 53 arter), planteveps (Symphyta, rundt 700 arter) og bier (Apiformes, 234 arter) som vi har god taksonomisk ekspertise på. Per i dag (november 2010) er 248 prøver av 100 plantevepsarter strekkodet, og 95 prøver til fra Nord Norge er snart prosessert.
Kontaktpersoner: Torstein Kvamme, Ole Lønnve, Lars Ove Hansen (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo), Trond Elling Barstad (Universitetet i Tromsø).
Soppmygg (Mycetophilidae)
Soppmygg i familien Mycetophilidae utgjør en ekstremt vanlig og artsrik gruppe av Diptera i nordlige tempererte strøk. Soppmyggarter kan være sårbare ovenfor moderne skogbruk, og er slik sett gode indikatorer av uforstyrret skog. I Norge er det registrert 589 arter, men basert på det høye antall registrerte arter i våre naboland kan man anta at et mange nye arter vil oppdages i fremtiden. Per i dag (2010) er 77 prøver fra 51 arter barkodet. All prøve- og sekvensinformasjon er lagt inn i BOLD.
Kontakt: Geir Søli, Eirik Rindal (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo)
Steinfluer (Plecoptera) og døgnfluer (Ephemeroptera)
Steinfluer og døgnfluer er insektgrupper knyttet til ferskvann. Det er registrert 35 steinfluearter og 44 døgnfluearter i Norge, og intensjonen er å barkode alle disse. Prøvene samles inn fra forskjellige lokaliteter i Norge for å se på geografisk variasjon.
Kontakter: Arild Johnsen, Louis Boumans (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo)
Barkoding av biller i lagrede, tørre næringsmidler
Dette prosjektet tar sikte på å barkode billearter som er viktige skadedyr i lagrede, tørre næringsmidler (kornprodukter, nøtter, sjokolade, tørket kjøtt mm). For å bekjempe slike skadedyr, er det viktig å identifisere hvilken art som er tilstede fordi ulike arter ofte krever forskjellige bekjempelsestiltak. Artsbestemmelse ut fra morfologiske trekk kan være vanskelig når man kun har fragmenter av dyr eller larvestadier/pupper tilgjengelig. Ved å bygge opp et bibliotek av barkoder for skadedyrene, kan man senere gjennomføre sikker identifikasjon av skadedyrfunn fra lagrede næringsmidler ved barkoding.
Kontakt: Bjørn Arne Rukke (Nasjonalt folkehelseinstitutt)
En ny trebukkart (Cerambycidae)
Trebukken Leiopus linnei ble beskrevet fra Skandinavia i 2009. Resultatene fra de klassiske taksonomiske metodene brukt ble testet med barkoding. To individer av L. linnei, sammen med to individer av søsterarten L. nebulosus, og et individ av L. punctulatus for sammenligning, ble barkodet. Resultatene bekreftet artsstatusen til L. linnei.
Kontakt: Torstein Kvamme (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo; Skog og Landskap)
Barkbiller (Curculionidae: Scolytinae)
Slekten Trypodendron er representert ved fire arter i Skandinavia. Disse billene er økonomisk viktige i hele den Palearktiske regionen samt i Nord Amerika. Larvegangene er hovedsakelig lokalisert i treverk, ikke mellom barken og veden. Artene importeres dermed lett med tømmer. Barking av tømmeret eliminerer ikke risikoen ved import. Mange asiatiske og nord amerikanske arter er potensielle skadedyr. Åtte individer fra Norge fra til sammen tre arter er blitt barkodet som et pilotprosjekt. Resultatene viser at de tre testede artene T. lineatum, T. leave og T. signatum lett kan identifiseres ved hjelp av barkoding.
Kontakt: Torstein Kvamme (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo; Skog og Landskap)
Karplanter på Svalbard
Et prosjekt som har som målsetning å strekkode alle karplanter på Svalbard er ferdig i disse dager (mai 2010).
Kontakt: Inger Greve Alsos (Universitetet i Tromsø)
Artsprosjektet
Artsprosjektet har som hovedmål å styrke kunnskapen om artene i Norge, spesielt de vi vet lite om. I 2010 er 11 kartleggingsprosjekter i gang, eller allerede ferdig, med å samle inn materiale for grupper av sopp, lav, insekter, ferskvannsalger og marine dyr. Arter det samles inn prøver av skal strekkodes. Artsprosjektet gjennomføres av Artsdatabanken.
Kontakt: Ingrid Salvesen (Artsdatabanken)
BarFrost – Rekonstruering av tidligere økosystemer ved å barkode DNA bevert i permafrost
I dette prosjektet brukes DNA barkoding til å analysere tidligere arktisk biodiversitet fra gammelt DNA bevart i permafrost. Spesifikke DNA barkodingmarkører (kortere enn standardmarkører) som passer for amplifisering og identifisering av degradert DNA i jordprøver for mange organismegrupper (moser, sopp, insekter, spretthaler, vertebrater) utvikles. Disse markørene brukes så for amplifisering av taksonomiske grupper fra mer enn 600 permafrost jordprøver samlet over hele Arktis, fra alt fra nylig dannet jord til mange hunder tusen år gammel jord. For å kunne identifisere arter nøyaktig fra barkodemarkørene konstrueres det taksonomiske referansedatatabaser ved å sekvensere markørene i moderne økologisk viktige arktiske og boreale arter. De nye dataene produsert i dette prosjektet, sammen med komplementære data for vaskulære planter (se Ecochange prosjekt), vil ble brukt til å rekonstruere biodiversiteten i tidligere økosystemer.
Kontakt: Christian Brochmann (Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo)
|
